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中國基因組深度注釋取得重要進展 美揭示腦癌細胞長壽秘密

  • 2018年9月12日 FanTianQing來源:新浪網(wǎng) 767 46
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對復(fù)雜的基因組進行深入研究,確定哪些基因翻譯蛋白質(zhì),哪些基因不翻譯蛋白質(zhì),以及對這些基因的分布和結(jié)構(gòu)進行精準描述等,是國際學(xué)界探尋生命奧秘的前沿課題之一。

中國基因組深度注釋取得重要進展。

對復(fù)雜的基因組進行深入研究,確定哪些基因翻譯蛋白質(zhì),哪些基因不翻譯蛋白質(zhì),以及對這些基因的分布和結(jié)構(gòu)進行精準描述等,是國際學(xué)界探尋生命奧秘的前沿課題之一。我國科研人員在該課題研究方面取得重要進展,全新的研究成果已在線發(fā)布于國際期刊《分子植物》。

記者近日從中國科學(xué)院水生生物研究所了解到,該所葛峰研究員學(xué)科組利用蛋白基因組學(xué)的研究策略和方法,成功對單細胞光合真核生物三角褐指藻的基因組進行了深度注釋,完成了三角褐指藻的蛋白質(zhì)組精細圖譜,并建立了完整的真核生物基因組深度注釋實驗技術(shù)和分析流程。

據(jù)該研究成果第一作者、高級實驗師楊明坤介紹,基因組是一種生物的所有遺傳信息,以往對基因組進行深度注釋多采用生物信息學(xué)的方法,而與之相比,蛋白基因組學(xué)的方法更直接,也更可靠。

楊明坤說,蛋白質(zhì)是基因與生命活動的最終執(zhí)行者,運用蛋白基因組學(xué)的方法對基因組進行深度注釋,不僅能夠發(fā)現(xiàn)新的蛋白質(zhì),還能夠發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)翻譯后修飾現(xiàn)象。此次團隊的研究為三角褐指藻基因組的6628個基因提供了蛋白質(zhì)水平上的支持,并且發(fā)現(xiàn)1895個基因不翻譯蛋白質(zhì)。特別是,他們新發(fā)現(xiàn)了許多可以翻譯蛋白質(zhì)的基因,其中相當一部分此前被學(xué)界認為是長鏈非編碼的基因。

更為重要的是,該研究建立的實驗技術(shù)和分析流程,可適用于各種已經(jīng)完成基因組測序的真核生物,為真核生物基因組深度注釋提供了重要工具。

楊明坤說,蛋白基因組學(xué)從蛋白質(zhì)層面檢測蛋白表達變化、調(diào)控模式以及與疾病相關(guān)的基因突變。因此,該研究成果的取得,有望進一步推動蛋白基因組學(xué)在生命和健康領(lǐng)域特別是精準醫(yī)學(xué)方面的應(yīng)用。

(圖片源于網(wǎng)絡(luò))

美揭示腦癌細胞長壽秘密

美國加州大學(xué)舊金山分校研究人員發(fā)現(xiàn),GABP蛋白的一種特定成分GABP-β1L,是與端粒酶逆轉(zhuǎn)錄酶(TERT)啟動子突變相關(guān)的膠質(zhì)母細胞瘤細胞不受控制地分裂、繁殖的關(guān)鍵。他們10日在《腫瘤細胞》雜志上發(fā)表論文稱,新發(fā)現(xiàn)提供了一個很有前途的用藥靶點,對未來膠質(zhì)母細胞瘤及其他多種與TERT啟動子突變相關(guān)癌癥的治療具有重要意義。

比健康細胞長壽,是腫瘤細胞的重要特征之一,它們的分裂次數(shù)不會像健康細胞一樣受到嚴格限制,因此可以持續(xù)地分裂,不斷擴散??茖W(xué)家認為,腫瘤細胞的這種能力可能與TERT啟動子突變有關(guān)。TERT啟動子突變是所有人類癌癥中最常見的三種突變之一,也是致命腦癌膠質(zhì)母細胞瘤中最常見的突變。最近有研究稱,超過50種癌癥是由TERT啟動子突變引起的。還有研究表明,這些突變會使GABP的轉(zhuǎn)錄因子與TERT啟動子綁定并激活它,但是在健康細胞中,GABP和TERT通常彼此無關(guān)。

此次,加州大學(xué)舊金山分校研究人員發(fā)現(xiàn),具有TERT啟動子突變的膠質(zhì)母細胞瘤患者,其體內(nèi)腫瘤細胞要依賴GABP蛋白才能生存。這種蛋白對大多數(shù)細胞的運作都至關(guān)重要,但其中的一個特定成分——GABP-β1L,在正常細胞中似乎沒有存在的必要。當研究人員通過CRISPR基因編輯技術(shù)等手段,從實驗室培養(yǎng)的膠質(zhì)母細胞瘤細胞中消除GABP-β1L時,腫瘤細胞的生長速度明顯減慢。隨后的小鼠實驗顯示,未經(jīng)編輯的、源自人類患者的膠質(zhì)母細胞瘤細胞在植入小鼠體內(nèi)后生長迅速,會很快導(dǎo)致小鼠死亡;而經(jīng)基因編輯后缺乏GABP-β1L的腫瘤細胞在小鼠體內(nèi)則生長緩慢,其致死性也較低。

研究人員指出,GABP-β1L是一種有前途的新藥靶點,對于治療膠質(zhì)母細胞瘤及其他多種與TERT啟動子突變相關(guān)的癌癥具有重要意義。他們將尋找與實驗中使用的基因編輯技術(shù)具有相似效果的小分子藥物,推動相關(guān)癌癥的治療。

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